High Performance Computing in Life Sciences

Leistungsangebote

• Angewandte Bioinformatik in der Medizin und in den Biowissenschaften
• Bioprozessautomatisierung
• Sequenzanalyse
• Transkiptom- und Expressionsanalyse
• Systembiologie und Proteomanalyse

• Mathematische Modellierung
• Biostatistik
• Konzeption und Umsetzung von Automatisierungen (z.B. Flüssigkulturen mit Hilfe von Single-Board-Computern)
• Analysen zu differentieller Genexpression bzw. Expressionsmustern
• Auswertung von Sequenzier- und Microarray-Daten (cDNA, Oligos, SNPs, CGH)
• Netzwerkanalysen zu metabolischen, Transkriptions- und Signaltransduktionsnetzwerken
• Biostatistische Bewertung medizinisch-biologischer Daten
• Konzeption und Realisierung von individuell angepassten Datenbanken (z.B. Patientendaten, Primer- und Genomsequenzen...)

Labore

• High Performance Computing
• EDV-Komplexlabor (Bioinformatik)

Geräte / Spezialausstattung

• 1 Bladeserver System, 7 Knoten, 96 CPU Kerne, 2240 GB RAM, NVIDIA Tesla M2090
• 1 Bladeserver System, 6 Knoten, 80 CPU Kerne, 1920 GB RAM, zwei NVIDIA GRID K2, 28 TB integrierter Storage
• 50 TB zentraler Storage
• 48 Slot Tape Storage System
• 25 PCs mit je 4 CPU Kernen und 16 GB RAM und CUDA-fähigen Grafikkarten

Netzwerk-Mitgliedschaften

• Glyconet Berlin Brandenburg e. V.

Kooperationen

• Universität Hamburg
• UKE Hamburg
• Charité Berlin
• Endokrinologikum
• Novartis Pharma GmbH
• AnaTox GmbH & Co KG

Projekte

• siehe Projektdatenbank zu Prof. Dr. Heike Pospisil

Veröffentlichungen

• siehe Publikationsdatenbank zu Prof. Dr. Heike Pospisil

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